Katram no mums ir iedzimts fizioloģisks informācijas pārstrādes mehānisms, kas uztur mūsu garīgo veselību optimālajā līmenī. Mūsu dabiskā iekšējā informācijas pārstrādes sistēma atjauno mūsu garīgo veselību tāpat, kā ķermenis dabiski izveseļojas pēc traumas. Piemēram, ja mēs sagriežam sev roku, tad visi organisma spēki tiek novirzīti tā, lai rēta sadzītu. Ja kaut kas traucē šim procesam, rēta sāk strutot un kļūst sāpīga. Ja traucēklis tiek likvidēts, dziedināšanas process tiek pabeigts.
Dabiskās informācijas pārstrādes sistēmas līdzsvars var tikt izjaukts neirofizioloģiskajā līmenī kādas traumas vai ikdienas stresa rezultātā. Tādejādi tiek bloķēta smadzeņu dabiskās informācijas pārstrādes sistēmas spēja uzturēt mūsu garīgo veselību optimālajā līmenī. Rezultātā rodas dažādas psiholoģiskās problēmas, jo psiholoģiskās problēmas ir nervu sistēmā uzkrātas negatīvas traumatiskās informācijas rezultāts. Pārmaiņas psiholoģiskajā līmenī notiek tad, kad atjaunojas spēja pārstrādāt informāciju.
EMDR ir paātrināta informācijas pārstrādes terapija. Terapijas pamatā ir dabisks acu kustību process, kas aktivizē iekšējo traumatisko atmiņu pārstādes mehānismu nervu sistēmā. Noteikta veida acu kustības ļauj piekļūt iedzimtajam fizioloģiskajam traumatiskās informācijas pārstrādes mehānismam, kas rada psihoterapeitisko efektu. Traumatiskās informācijas transformācijas procesā notiek izmaiņas cilvēka domāšanā, uzvedībā, emocijās, izjūtās, vizuālajos tēlos. Metaforiski runājot, mēs varam pārstrādes mehānismu uztvert kā sava veida informācijas „sagremošanas” procesu jeb „metabolismu”, lai šo informāciju varētu izmantot cilvēka izdziedināšanai un dzīves kvalitātes uzlabošanai.
Ar EMDR terapijas palīdzību traumatiskā informācija kļūst pieejama, tā tiek pārstrādāta un adaptīvā veidā integrēta. Kā arī tiek pārstrādātas arī mūsu negatīvas emocijas.
Pārstrādes process var notikt ne tikai izmantojot noteikta veida acu kustību, bet arī izmantojot citus ārējus kairinātājus – piemēram, vieglus piesitienus pa klienta plaukstu, gaismas vai dzirdes kairinātājus.
Ļoti bieži jau pēc viena EMDR seansa cilvēki daudz neitrālāk, bez intensīvām emocijām atceras traumatisko notikumu. Cilvēki sāk daudz reālistiskāk un konstruktīvāk uztvert notikušo un daudz pozitīvāk attiekties pret sevi: „Es izdarīju visu, ko spēju”, „Tas, kas notika, jau ir pagātnē. Tagad esmu drošībā”, „Es paliku dzīvs un tas ir pats svarīgākais”, „Ar mani viss ir kartībā”, „Es esmu labas attieksmes vērta”, „Es spēju tikt galā ar savu dzīvi” utt. Papildus šīm pozitīvajām pārmaiņām domāšanā parasti pazūd arī tā saucamie flash-backs (uzmācīgi traumatiskā notikuma tēli).